北鲲云超算平台加速生物医药研究进程

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随着生物医药和高性能计算的迅猛发展、高通量手段的成熟,生物医药行业研究数据急剧膨胀,这些数据离不开高性能计算。高性能计算除了拥有超强的计算能力,还具备高速定制网络、快速多级存储、灵活的云平台等特质,可以有效解决计算密集型、通信密集型、存储密集型这三类生物医药大数据问题。除了高性能计算之外,近几年兴起的云计算,也可以达到形同的作用。近两年在药物研发领域初露锋芒的北鲲云超算平台,就取得了业内不少的好评。借助北鲲云超算平台不仅可以加速药物筛选和分子分析,使新药的研发周期大幅缩短,并且在基因工程、药物设计等领域发挥着越来越大的作用。

比如,从上世纪90年代开始“人类基因组计划”、“克隆”、“生物芯片”等内容,人类第一次完整全基因组的测序花了13年,在高性能计算的加持下,这个时间如今已经降低到1天以内。还有近年来PD-1信号通路的发现,使得人类在战胜癌症的道路上更近了一大步、诱导多能干细胞iPSC技术和基因编辑技术!CRISPR(使得I型糖尿病有望得到根治)以及去年严重的疫情,更多的样本集、更快的数据提炼,可以帮助更快的研发生产出疫苗;等众多科研成果都证明了高性能计算在生物工程中的重要性。

云计算的兴起还改变了科学家获取算力、享受超算服务的方式,比如北鲲云超算平台。不仅能够帮助科研人员在云上搭建高性能集群系统,满足药物研发人员对高性能计算资源的需求。

除此之外,北鲲云超算平台接入了规模庞大且灵活云上算力资源,研究人员可以根据自身研究项目的大小按需购买算力资源,不用担心经费问题以及被算力规模限制了研发速度的问题。

我们知道,药物研发是一个非常复杂的过程,因此也非常耗时,药物筛选只是流程前期一个环节。例如,在研制疫苗时期,需要首先寻找跟蛋白病毒酶结合的小分子,由于存在不同种类或研究机构的配体(小分子)库,配体(小分子)库数量巨大,每个配体库的配体数量成千上万,甚至更大,通过实验方式一一测试验证显然不能在短时间内找到合适的匹配药物。只有通过计算机数值模拟进行筛选,对不同配体的结合效果进行打分,筛选结合模式合理的一些配体作为候选药物,然后再进行实验验证,这样才能够有效加速药物的研究进程。

北鲲云超算平台提供的就是这样一种服务,要实现药物的高效率筛选,还需要我们前文提到的高通量手段,这也是北鲲云超算平台为药企提供的一站式解决方案之一。
    责任编辑:tzh

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