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GUIDE－seq和Digenome－seq等全基因组CRISPR 检测的关键技术介绍
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2017-09-24
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在 2013 年，来自麻省总医院的研究人员发现使用 CRISPR－Cas RNA 引导性核酸酶的一个重要局限：会在预期靶点以外的位点上生成多余的 DNA 突变。此后陆续有研究直接说明了 CRISPR／Cas9 存在严重的脱靶性，即该技术可以发生非特异性切割，引起基因组非靶向位点的突变，这样会造成研究结果的不确定性以及研究工作的大量增加，这一问题严重地限制了 Cas9 的应用。
因此科学家们希望能通过全基因组检测脱靶剪切，近年来研发了不少检测脱靶剪切酶活性的实验方法，比如近期 Nature Methods 报道的两项技术，这些技术是什么，具有何种优势，具体让我们来看看：
GUIDE－seq 以往人们在检测 CRISPR－Cas 核酸酶诱导的脱靶 DNA 断裂时，往往事先假定脱靶位点与靶标位点相似。GUIDE－seq 是首个不需要这样做的方法，而且它相当灵敏 。一组研究人员利用一种短双链寡核苷酸来标记 CRISPR－Cas 诱导的脱靶断裂，测序这些标签所在的基因组区域，就能够确定脱靶突变的位置。研究表明，就算某个脱靶突变的出现频率低至 0．1％，GUIDE－seq 也能够检测得到。由于许多脱靶突变发生在与目标位点差异很大的地方，因此脱靶 DSB 的数量和位置是很难预测的。
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