由合成DNA构成的生物电路有着极其广泛和重要的医学应用。尽管这项技术还处于早期阶段,但这种方法已经被用于制造诊断癌症和识别内伤的测试,如创伤性脑损伤、失血性休克等。此外,合成的生物回路可以用来精确地将药物输送到细胞中,并根据需要提供特定的剂量。
生物回路的可能应用数量是巨大的,为它们确定适当的化学反应所需的计算也是如此。但由于新改进的软件程序,现在设计这些电路将更容易。最近发表在IEEE Design & Test上的一项研究对这一进展进行了描述。
南马托格罗索联邦大学(Universida de Federal de Mato Grosso do Sul,UFMS)计算机系兼职教授Renan Marks参与了这项研究。他的团队最初创建了一个名为DNAr的软件程序,研究人员可以用它来模拟各种化学反应,然后设计新的生物电路。在他们最近的工作中,他们为这个程序开发了一个软件扩展,称为DNAr-Logic,它允许科学家在高层次上描述他们想要的电路。该软件对逻辑电路进行高级描述,并将其转换为可以在DNA链中合成的化学反应网络。
Marks表示,他的团队的新软件扩展的一个优点是,它将使科学家们更加专注于电路的设计,而不是担心化学连锁反应的计算和细节。他们可以使用DNAr-Logic来设计和模拟(生物电路),而无需事先掌握化学知识,也无需手工编写模拟其动态行为所需的数百个反应和微分方程 —— 该软件将化学反应细节的负担从科学家的肩上卸了下来。
他的团队在一系列模拟中测试了新软件。“结果表明,逻辑电路可以完美地设计、模拟和测试,”Marks表示,并指出了他们能够使用DNAr-Logic设计出一些能够产生多达600种不同反应的合成生物电路。
然而,在医学应用中充分实现这一技术仍然存在许多障碍。一个悬而未决的问题是,由松散的DNA链组成的生物回路可能会发生“泄漏反应”。这是指某些DNA链可能无意中与溶液中的其他DNA链发生反应,从而导致错误的“计算”。Marks承认,“尽管泄漏反应等问题仍需解决,合成生物电路有着巨大的潜力。这一新的研究领域开启了无限的可能性,”他说。
同时,Marks还表示;“今后,我计划继续开发新的扩展,以扩展DNAr软件的新功能,其他研究人员可以依赖这些新功能。此外,我还计划使用DNAr作为一个框架,协助研究和开发基于算法的新电路,以帮助卫生专业人员更快地诊断疾病,并在卫生治疗中更有效。”
编辑:jq
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