如何搭建C9H5NS2分子结构

Nanodcal是一款基于非平衡态格林函数-密度泛函理论（NEGF - DFT）的第一性原理计算软件，主要用于模拟器件材料中的非线性、非平衡的量子输运过程，是目前国内拥有自主知识产权的基于第一性原理的输运软件。可预测材料的电流 - 电压特性、电子透射几率等众多输运性质。

迄今为止，Nanodcal 已成功应用于1维、2维、3维材料物性、分子电子器件、自旋电子器件、光电流器件、半导体电子器件设计等重要研究课题中，并将逐步推广到更广阔的电子输运性质研究的领域。

本期将给大家介绍Nanodcal分子电子学3.2.1.2-3.1.3的内容。

3.2.1.2 搭建C9H5NS2分子结构

（1）从数据库中导入 leucoline 晶体， File — Import ，找到 leucoline.hzw 导入（如果DeviceStudio版本较低，可以在附件中找到leucoline.hzw并导入）；

图 3-25:

（2）点击 Hydrogen passivation ，给分子加氢；

图 3-26:

（3）点击 3D Viewer 下的yx View按钮；

图 3-27:

（4）选中下图中的 H 原子；

（5）双击 Properties 栏下ElementSymbol的 H ，在元素周期表中选择S替换；

图 3-29:

（6）选中下图中的 C 原子，可以在 Properties 栏中看到该原子的位置信息，再点击 Move Atom，选中所有原子进行平移，使得红框中的原子的坐标变为[0，0，0]；

图 3-30:

（7）点击 Angle 测量出下图所示的角度；

图 3-31:

（8)点击 Rotate Atom ，进行如下旋转操作，将两个S原子处于同一个XY平面内；

图 3-32:

3.1.3 搭建Al-C9H5NS2-Al Bulk体系

（1）选中整个分子，右击 Copy ，点击之前建好的 Al 电极的hzw文件，在空白处右击 Paste ；

图 3-33:

（2）点击 3D Viewer 下的yx View，再点击 Move Atom ，适当的向上移动分子的位置使得分子和Al电极没有交叠；

图 3-34:

（3）点击 Distance 测量S原子到特定Al原子的距离；

图 3-35:

（4）点击 Move Atom ，选中分子并移动，使得S原子到特定Al原子的距离相等，并且S原子与特定Al原子在用一条直线上；

图 3-36:

（5）点击 Convert to Crystal ，按下图中的 Primitive Vectors 进行输入；

图 3-37:

（6）点击 Center ，将原子移至中心，如下图所示；

（7）将该 Bulk体系 的信息导出为VASP的输入文件 Simulator — VASP — VASP Input ，固定Al电极只驰豫分子的结构，对于VASP的操作，这里不展开介绍；

图 3-39:

　　

      审核编辑：彭静