GeoMx DSP应用领域

 

相信读了上文（衰老与肿瘤研究利器：全新升级的GeoMx Digital Spatial Profiler数字空间组学检测平台）之后您已经对GeoMx Digital Spatial Profiler数字空间分析仪有了一定的了解，让我们接下来继续了解一下DSP的应用吧~

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GeoMx DSP应用领域

 

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产品分类-RNA检测

 

GeoMx Human Whole Transcriptome Atlas

GeoMx Human Whole Transcriptome Atlas（Hu WTA）空间全转录组技术实现了人类组织原位全转录组表达分析。其通过独特的探针结构设计，大大提高了对每个转录本的检测灵敏度和可信度。Hu WTA基于Human Gene Nomenclature Committee（HUGO）数据库，同时参照National Center for Biotechnology’s Information（NCBI）RefSeq数据库中的mRNA序列，可检测超过18000种人类蛋白编码基因。DSP RNA探针在保证靶标分子高特异性的基础上，还针对多种因素进行了筛选优化，保证每个探针都对应一个独特的DSP条形码。可用于下游在illumina测序仪上进行分子计数。Hu WTA采用靶向捕获的技术原理，避免了基于poly（A）的技术局限性，从而实现了对于严重降解的组织（如FFPE）也有高灵敏度的稳定表现。它能够对于每个目标区域（ROI）内的全转录组进行测量，帮助研究者高分辨率地探索组织微环境和细胞群之间的差异，以及背后详细的生物通路。

产品亮点：

涵盖人类全部蛋白编码基因mRNA序列的特异性探针；

 出色的检测灵敏度：能够在小于50um的区域内检测出数千个基因；

 对于包括FFPE在内的各种样本类型均具有可靠性能，分析结果与RNA-seq和RNAScope技术验证数据高度一致；

 联合单细胞转录组测序（scRNA-Seq）数据，可在组织原位研究不同细胞亚群；

 流畅整合了illumina测序文库制备流程和简化的NGS数据分析方案；

 出众的灵活性，用户可定制添加至多60个额外靶点，如非编码RNA、合成DNA序列或者外源基因（如细菌、病毒）等；

 利用GeoMx Data Suite和生物信息学工具进行空间转录组统计分析。

 

GeoMx Mouse Whole Transcriptome Atlas

小鼠模型在了解发育生物学、疾病发作、进展和治疗方面发挥着关键作用。然而在小鼠转录组研究中，组织异质性会增加细胞群或单细胞RNA-seq数据结果的复杂性。使用GeoMx 小鼠全转录组分析（MuWTA），研究人员可以应用空间转录组学来揭示小鼠模型中的组织结构和基础功能。

产品亮点：

全转录组覆盖度，覆盖所有小鼠品系；

 出色的灵敏度，每份样本可检测的基因数更多，可定量低、中和高表达基因；

 稳定可靠、可重复的结果，适用于多种样本类型。包括FFPE、新鲜冷冻、固定冷冻和TMA样本；

 高效实现多样本数据的比较，识别与生物学密切相关的特定区域或细胞群的表达变化；

 标准化工作流程，运用成熟技术，无需额外验证与优化；

 

GeoMx Cancer Transcriptome Atlas

Cancer Transcriptome Atlas（CTA）支持以空间分辨率同时分析超过1,800个RNA靶标，包含细胞分析普遍应用的靶标，以及GeoMx  DSP实验的必要对照。CTA覆盖112条对免疫应答、肿瘤生物学和微环境至关重要的通路。GeoMx  Cancer Transcriptome Atlas（CTA）支持全面地分析肿瘤、肿瘤微环境和肿瘤免疫状态。

产品亮点：

全面的RNA检测靶点，用于癌症生物学研究；

广泛覆盖免疫应答、肿瘤微环境和肿瘤生物学研究；

包含来自临床相关基因集，例如肿瘤炎性BC360IIO360 指数和PAM50；

超过100条通路，全方位探索癌症；

兼容RNAscope和抗体形态学标志物；

支持增添多达60个额外的目标靶标；

流畅整合illumina高通量测序技术；

利用GeoMx  Data Center进行交互式分析。

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产品分类-蛋白检测

 

GeoMx Human Protein Assays

GeoMx  Human Protein Assays 结合NGS 技术流程能够以空间分辨率同时分析数百种蛋白质靶标的表达。包含4种蛋白的GeoMx  Protein Core for NGS包含GeoMx  DSP实验所需的对照品。GeoMx  Human Protein Assays具有模块化设计，提供经验证的检测靶标，用于免疫学、肿瘤免疫学和神经科学研究。

产品亮点：

经验证的多靶标检测，专为免疫学、肿瘤免疫学和神经科学等研究设计；

在10种检测模块中选择并添加到GeoMx  Human Protein Core，可实现对数百种蛋白质 靶标的空间表达定量；

可另外定制多达10个目标抗体；

流畅整合illumina高通量检测技术；

利用 GeoMx Data Center进行交互式分析。
        责任编辑：彭菁