用于基因组学、转录组学和临床研究的综合NGS软件

 

 

 用于基因组学、转录组学和临床研究的综合NGS软件  

LasergeneGenomics 在基因组学和转录组学领域独树一帜。该软件由我们革命性且易于使用的组装程序 SeqManNGen 提供支持，使您能够在短短几分钟内设置复杂的基因组测序项目，并自动执行通常需要在其他软件包中进行大量手动干预的任务。

 

直观的项目设置和分析，与我们获得专利的组装算法相结合，使您能够以无与伦比的轻松和速度组装和对齐NGS数据，以便您可以专注于结果。不再需要在软件工具之间切换来组装序列、识别重要变异并确定差异表达基因。你需要的一切都在这里。

 

 

 

 

 LasergeneGenomics工作流程  

 

ChIP-Seq数据分析
 

使用LasergeneGenomics 轻松组装ChIP-Seq数据并执行峰检测，让您更快地进行全面的ChIP-Seq数据分析。

ChIP-Seq数据分析通常是一个繁琐的过程，需要繁琐的项目设置和耗时且复杂的数据操作。LasergeneGenomics 提供易于使用的向导，可在几分钟内指导您完成项目设置，让您可以快速轻松地设置ChIP-Seq分析项目。该软件还包括多种不同的可定制选项，用于变异检测、标准化和峰检测。通过使用输入模式或使用位置权重矩阵来识别结合位点，从转录因子数据库中选择结合蛋白。在 ChIP-Seq数据组装后，使用实时交互式视图和全面的过滤工具轻松分析峰值附近的基因。利用基因本体论来识别具有特定生物学功能的基因之间的关系或确定基因在特定过程中的相对重要性。在 GenVisionPro 中可视化峰以解释基因表达和调控，并创建高质量、高度可定制的图像以供发表。使用 LasergeneGenomics 中的ChIP-Seq分析工具更快地获得全面的结果！

 

临床研究
 

使用LasergeneGenomics 人类基因组分析自动化流程在几分钟内建立您的临床研究项目。

近年来，随着对三重分析、肿瘤与正常配对比较和罕见变异研究等工作流程的需求不断增长，临床研究软件变得越来越广泛。然而，大多数用于人类基因组分析的商用软件需要预先进行大量工作来准备组装和最终分析的项目。LasergeneGenomics 在临床研究软件领域脱颖而出，部分原因在于SeqManNGen，这是我们革命性的向导，使您能够在短短几分钟内设置整个基因组或外显子组重测序项目。SeqManNGen 可自动执行通常需要大量手动干预的任务，包括自动组织实验和重复、内置访问人类和模型生物的多种基因组模板包、自动合并BED和VCF文件，以及自动检测、注释和分析变体。组装后，LasergeneGenomics中提供的人类基因组分析工具可以立即开始广泛的多样本变异比较，识别具有统计学意义的变异，并探索与感兴趣的变异交叉的相关基因。

 

从头基因组组装
 

使用LasergeneGenomics 轻松、准确地从头组装基因组。

从头基因组组装是一种从大量DNA片段构建基因组的方法，无需事先了解这些片段的正确序列或顺序。这可能是一个非常困难的计算问题，并且由于序列量大、重复区域的存在以及所需的大量RAM，通常会出现速度和准确性问题。

LasergeneGenomics 通过指导您采用各种方法来满足您的需求，使您可以轻松地进行从头组装。在我们革命性的基因组组装软件 SeqManNGen的支持下，用户可以在短短几分钟内设置复杂的测序项目，其任务自动化功能可以以无与伦比的轻松和速度促进从头序列组装，即使在配备适度的计算机上也是如此。

除了传统的从头工作流程（通常对配对或配对末端数据最有用）外，LasergeneGenomics 还提供多种基因组整理工作流程，用于基因组草案的纠错和细化。我们还提供多种工作流程（目前处于测试阶段），用于从头组装和完善来自OxfordNanopore 和PacBio的长读长测序数据，包括PacBioHifi 读长。

无论您采用何种方法，LasergeneGenomics 都会创建最准确、最完整的组装体，并为您提供每个完全可编辑组装体的详细统计数据，以及出色的可视化和组装后分析工具。

 

从头转录组组装
 

使用LasergeneGenomics 中的自动化流程简化从头转录组组装。

从头转录组组装是非模型生物研究中的一项强大技术，但由于数据量巨大以及去除污染物、识别和注释转录本以及使用组装转录本时面临的常见困难，转录组学数据分析通常会带来重大挑战在下游分析中。LasergeneGenomics 的转录组组装工具为所有这些问题提供了解决方案。我们获得专利的聚类和组装算法几乎可以处理台式计算机上任何大小的数据集，从而无需超级计算集群。LasergeneGenomics 自动去除最常见的接头以及任何用户指定的污染物序列，并提供对我们专有的转录本注释数据库的访问，该数据库使用来自RefSeq的转录本注释，从而促进甚至是最新颖的生物体的组装和注释。一旦从头转录组组装完成，我们会提供已识别转录本和新转录本的FASTA文件，这些文件经过完整注释，可用于下游分析，包括用作RNA测序分析的参考集。

 

宏基因组组装
 

使用LasergeneGenomics 强大的算法将宏基因组序列数据与不同的参考数据集进行比对，或对新序列进行聚类以进行识别。

考虑到所涉及的数据量，以及识别变异、计算覆盖度和去除宿主DNA通常需要的许多耗时步骤，有效组装和分析宏基因组测序数据可能具有挑战性。LasergeneGenomics 通过提供向导来引导您从头到尾完成宏基因组组装和宿主去除过程，从而简化了流程。我们的微生物组分析软件可以轻松地将宏基因组测序数据与来自NCBI的数千个完整注释细菌基因组或16srRNA 数据库进行比对。SeqManNGen 中的强大算法以前所未有的速度执行宏基因组组装，让您更快地从原始数据进入分析阶段。SeqManNGen 还能够从头进行新序列的宏基因组组装，或从HLA、抗体区域、病毒群体或线粒体群体中从头组装高度可变的序列。在宏基因组组装过程中，系统会自动为您完成变异检测和覆盖度计算，因此组装后，您就可以分析重叠群，并轻松识别微生物组中哪些细菌菌株最丰富。

 

RNA-Seq比对和分析
 

使用LasergeneGenomics 全面了解您的RNA-Seq数据。

RNA-seq是目前探索转录组的领先技术之一，这对连接基因组信息和其功能性蛋白质表达至关重要。但事实证明，RNA-Seq数据分析对许多研究人员来说是一个挑战，因为这一技术的应用相当广泛。LasergeneGenomics可以快速、轻松地将任何规模的RNA-Seq或miRNA数据集--从细菌到人类--与参考基因组进行比对，然后对比对后的数据提供广泛的分析，以便你可以深入探索。使用EdgeR或DESeq2进行差异基因表达的统计分析，使用综合过滤工具轻松识别感兴趣的基因，利用基因本体识别具有已知生物功能的基因之间的关系，使用Sashimi图轻松可视化和分析mRNA异构体，查看测序数据中检测到的变体，等等。当我们开始RNA-Seq分析时，我们并不总是知道我们在寻找什么。LasergeneGenomics使探索感兴趣的点变得很容易，这样你就能获得数据集的全貌。

 

变异分析
 

用于变异识别和分析的自动化软件

从DNA测序到遗传变异解释的过程可能漫长而复杂。有了无数的软件工具和管道，分析原始序列数据的变异可能需要掌握多达十几个生物信息学应用程序和在线数据库。流程中的每个额外步骤都会影响结果的准确性和完整性。

进入LasergeneGenomics，这是一个完全集成的变异分析和注释管道，具有直观、易于使用的界面。LasergeneGenomics 及其变异注释数据库极大地简化了变异分析，使您无需生物信息学博士学位即可获得准确的答案。

使用LasergeneGenomics 准确识别多个数据集之间的显着变异

 

LasergeneGenomics 是一个自动化管道，可将您的读数组装到模板中，执行变体调用，然后比较多个NGS或长读数据集的变体，所有这些都无需人工干预。

 

事实证明，我们的变体检出工具比我们的商业和开源竞争对手更准确，因此您可以放心，您可以信任结果。

 

通过强大的过滤工具、丰富的图形视图以及对大型变异数据库（包括Mastermind、dbSNP、GERP、dbNSFP和1000Genomes Project）的集成访问，轻松识别多个实验之间的显着变异。LasergeneGenomics 甚至可以让您轻松比较和分析来自其他NGS软件流程的多个VCF文件，并使用我们的自定义基因组模板包中的信息对其进行注释，以进行丰富的变异分析。

 

变异分析软件功能

• 用于装配、变体调用和变体注释的自动化点击式管道

• 根据变异引起的每个基因的破坏程度进行高级基因过滤

• 使用文本过滤器、表格数据或图形表示（包括维恩图、散点图和热图）比较变体组

• 能够在SeqManUltra 中查看特定变体或基因的读取比对，或在GenVisionPro 中同时查看所有数据集的装配覆盖率

 

病毒基因组分析
 

快速识别新的病毒株。

从原始病毒基因组测序数据到最终鉴定新病毒株可能是一个劳动密集型过程。对于快速发展的病毒，快速分析数据的能力至关重要。我们的病毒基因组测序分析工作流程可用于 Sanger和NGS数据，还包括对使用ARTIC网络协议生成的PCR扩增片段的全面支持。我们简化了这个有时很复杂的过程，以便您可以更快地进入分析阶段。首先在 SeqManUltra 中组装病毒基因组测序数据，以评估变异并为每个样本生成共有序列，然后在MegAlignPro 中快速将大组基因组与已知菌株进行比对，以轻松识别和比较比对中的变异。

 

全外显子组/全基因组测序
 

让LasergeneGenomics 承担全基因组和全外显子组测序分析的繁重工作，以便您可以专注于结果。

全外显子组测序和全基因组测序产生的海量数据给许多面临组装和分析数据的研究人员带来了挑战。无论您使用的是全基因组、全外显子组还是其他靶向测序数据，所产生的大量信息都需要大量的数据处理和分析。LasergeneGenomics 使您能够以无与伦比的轻松和速度将来自所有主要NGS平台的重测序数据与参考序列进行比对。全面的组装后分析选项可以轻松识别和比较遗传变异以及结构和非编码变异。先进的基因过滤能够确定变异对每个基因造成的破坏程度。LasergeneGenomics 的设计初衷就是处理大量数据-让我们来完成繁重的工作，这样您就可以专注于结果。

 

 

 LasergeneGenomics 应用程序  

 

SeqManNGen

基因组序列组装

SeqManNGen 使您能够在短短几分钟内建立复杂的基因组测序项目，然后以无与伦比的轻松和速度组装NGS和长读长测序数据。

ArrayStar

基因表达和变异分析

ArrayStar的先进过滤工具和丰富的可视化功能使您能够轻松评估基因表达，并识别多个样本中的显着变异。

SeqManUltra

序列组装分析与编辑

SeqManUltra 提供组装后分析工具，例如评估覆盖范围、分析比对背景下的变体以及重叠群编辑。

GenVisionPro

基因组可视化软件

使用高度可定制的图像可视化基因组测序结果，例如覆盖度和峰值图，这些图像可以轻松导出以进行协作或出版。

DNASTARCloud*

基于云的存储和组件

DNASTARCloud Data Drive 提供NGS数据管理。DNASTARCloud Assemblies* 利用我们的云计算资源来对齐和组装您的NGS数据，从而释放您的本地计算机来执行其他操作。

 

 

 对比DNASTARLasergene 软件包  

 

	LasergeneMolecular Biology	LasergeneGenomics	LasergeneProtein	DNASTARLasergene （最受欢迎）
包含的应用程序
SeqBuilderPro
SeqManUltra
MegAlignPro
GeneQuest
GenVision
SeqNinja
SeqManNGen
ArrayStar
GenVisionPro
Protean3D （每个Nova应用程序+1预测）
DNASTARNavigator