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NAMD软件的移植与优化
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2017-11-20
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纳米级粒度分子动力学NAMD是基于Charm++并行编程模型的开源免费分子动力学模拟软件，能够在大规模并行计算机上快速模拟百万原子级别的大分子体系。太湖之光是中国自主研发的超级计算机，峰值性能为125.4 Pflop/s，共有1 000多万个核心，整机I．inpack效率不低于70%。NAMD在空间上对原子进行划分，在计算上对力进行划分，充分曝露出单步模拟的并行度，并通过CHARM++对负载平衡进行调控。针对NAMD进行模拟计算时的特点，移植并优化了NAMD的核心计算代码，让其能够更好地运行在超级计算机神威太湖之光上，优化后性能提高了近20倍，单个核组的性能较IntelXeonE52650 v2提高3倍。扩展性方面目前至多可达到325万核的并行度，突破百万核大关。
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