dcm2niix 被设计用来将神经影像数据从 DICOM 格式转换为 NIfTI 格式。MRIcroGL 中包含了用于 Linux、macOS 和 Windows 的最新稳定版本的编译版本。该软件的完整手册以 NITRC wiki 的形式提供。
依赖性
这个软件可以在 macOS、Linux 和 Windows 上运行,通常不需要任何其他软件。然而,如果你使用 dcm2niix 来创建 gz 压缩图像,安装了 pigz 的情况下速度会更快。你可以通过下载 MRIcroGL 获得为你的操作系统编译的 dcm2niix 和 pigz 的版本。
图像转换和压缩
DICOM 提供了许多存储/压缩图像数据的方法,被称为传输语法。COMPILE.md 文件描述了关于如何启用不同选项以提供对更多格式的支持的细节。
- 基本代码包括对原始、运行长度编码和经典 JPEG 无损解码的支持;
- 有损的 JPEG 是由内含的 NanoJPEG 处理,这种支持是模块化的:你可以为 libjpeg-turbo 编译或完全禁用它。
- JPEG-LS 无损支持是可选的,可以通过使用 CharLS 来提供。
- JPEG2000 有损和无损支持是可选的,可以使用 OpenJPEG 或 Jasper 来提供。
- GZ 压缩(例如,创建 .nii.gz 图像)是可选的,可以使用内含的 miniz 或流行的 zlib 提供。特别值得注意的是,Cloudflare 的 zlib 利用现代硬件(自2008年起可用)进行非常快速的压缩。另外,你也可以不使用gzip压缩器来编译dcm2niix。无论你如何编译 dcm2niix,它都可以使用外部程序 pigz 进行并行压缩。
安装
有几种方法可以安装 dcm2niix
- Github Releases 提供最新编译的可执行文件。这是 MacOS 和 Windows 用户的绝佳选择。但是,提供的 Linux 可执行文件需要最新版本的 Linux(例如 Ubuntu 14.04 或更高版本)
-
运行以下命令以获取适用于 Linux、Mac 或 Windows 的最新版本:
-
curl -fLO https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases/latest/download/dcm2niix_lnx.zip
-
curl -fLO https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases/latest/download/dcm2niix_mac.zip
-
curl -fLO https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases/latest/download/dcm2niix_mac_arm.pkg
-
curl -fLO https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases/latest/download/dcm2niix_win.zip
-
-
如果你有一台装有 Homebrew 的 macOS 电脑,你可以运行
brew install dcm2niix
. -
如果你有 Conda,执行
conda install -c conda-forge dcm2niix
在 Linux、MacOS 或 Windows 上安装。 -
在 Debian Linux 计算机上,您可以运行
sudo apt-get install dcm2niix
.