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乳腺癌-冠心病标志物的生物信息筛选技术
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运用生物信息学方法筛选乳腺癌-冠心病标志物，为乳腺癌诱发的冠心病治疗提供潜在的作用靶点。从基因表达数据库（ gene expression omnibus，（EO）中下载乳腺癌和冠心病相关表达谱芯片数据，使用GEOR筛选差异表达基因，依据Ⅴen图交集获取差异共表达基因，通过 DAVID网站进行基因功能注释（ gene ontology，GO）及京都基因与基因组百科全书（KyooEncyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）生物功能富集分析， STRING网站和 Cytoscape3.7.2软件进行蛋白互作分析。GEPIA和 Kaplan- Meier plotter进行对乳腺癌患者hub基因mRNA表达水平和预后分析。结果表明：2个数据集筛选得到差异表达基因286个，基于在乳腺癌中mRNA显著性表达水平筛选出45个基因。GO功能富集分析发现差异表达基因主要在泛素蛋白转移酶活性、糖蛋白结合、泛素蛋白连接酶结合等生物学过程发挥作用。KFGG分析显示差异基因主要参与缝隙连接、肾素分泌、5-羟色胺能突触、谷氨酸能突触、血管平滑肌收缩、血小板活化、癌细胞蛋白多糖等多条信号通路。基因πRNA表达水平和预后分析显示NIN、 POSTN、MAPT、MYO6、 MAPIB、FBO31、KⅣ、PK3R1等8个与冠心病相关的hub基因参与乳腺癌的发生、发展过程。NIN、 POSTN、MAPT、MYO6、MAPB、FBXO31KI、PIK3R可作为检测乳腺癌诱导冠心病的潜在标志物。
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